简言之，司法亲子鉴定主要是为打官司或为提供与相关执法机关有关的证据而进行的；而个人亲子鉴定完全不是为司法目的而进行的，只是为个人所做的亲子鉴定，以了解其与子女是否有亲子关系。
前一种是严格的委托鉴定程序，比方必须亲自到具有司法鉴定资格的部门进行取样，然后准备能证明被测试者和被测试者身份的完整材料(身份证、户口本、驾驶证、军官证等)，由鉴定中心工作人员现场核实身份后拍照取样；而后一种完全没有这方面的限制，检测机构完全按照委托人的要求进行，可以匿名，也可以不提供任何身份证明，检测机构只对送检样品负责。
但是无论是个人鉴定还是司法鉴定，其鉴定所用的仪器、试剂和程序都是相同的，因此，无论是做个人亲子鉴定还是司法亲子鉴定，只要提供的样本一致，那么鉴定结果也是相同的。
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