DNA亲子鉴定判定的是父子关系。亲子关系的判定是在排除同卵多胞胎兄弟亲子鉴定、近亲及外源干扰的前提下，作出最后的明确的结论的。近亲有可能存在亲子关系的。也是就是兄弟两人做亲子关系分析时，根据孟德尔遗传规律，联合应用亲子关系的分析，是有可能存在亲子关系的结果的。其兄弟两人做亲子关系分析，大多情况下是否定的亲子关系结果，其存在肯定的关系的结果的概率为1/2的20次方（21位点的检测系统时），这个概率可以由孟德尔遗传规律得到，目前这种现象在亲子鉴定中心实际案例中也是碰到的，常被亲子鉴定中心称为亲代同侧基因座遗传，在专业上应该是没有具体的定义，只是作为专业人士大家口头上的小概率现象相互认同解释，没有多大研究的价值。即使现实中没有出现过，根据遗传学遗传规律，大家也能是知道这种遗传小概率的存在。
同母异父的兄弟如何做亲子鉴定？
兄弟之间 可以做亲子鉴定的，无论是同父异母，还是同母异父都是可以的。兄弟之间的鉴定一般是通过对被鉴定者的Y染色体STR进行检测。Y染色体的遗传遵循的是父系遗传的规律，只能由爷爷遗传给父亲、叔叔，然后再遗传给各自的儿子，因此只要是同一个爷爷，那么他们的Y染色体分型就一定会 相同。想要证实是否是兄弟关系，就可以检测被鉴定者Y染色体是否一致，只要其表现相同就说明兄弟关系存在。但是如果被鉴定者想要鉴定是否是同母异父的兄弟，如果有母亲样本的存在，就可以将两者的样本分别于母亲的相对比，验证他们是否存在母子关系。如果是同一个母亲所生，就能确认兄弟关系存在。也可以对被鉴定者的线粒体进行检测，因为线粒体的遗传遵循的是母系遗传的规律，只要是同一个母亲所生，其线粒体dna就 相同。
亲子鉴定可以鉴定出两兄弟是不是同一个父亲？
若父母双方都存在，完全可以做的。
但你提的问题好像父母双方都不在情况。如果父母不存在直接做不了鉴定。
但有一种方法可以间接的证明：
1、是不是同父兄弟的问题：检测Y-STR基因位点。该位点是父系遗传的，故爷爷-爸爸-儿子的基因型都是一样的。故兄弟两Y-STR基因型相同时，可以证明属于同一父系。当然此结果只能回答，兄弟两能否成为同父兄弟的问题，而无法回答是不是同父兄弟关系的问题。
2、是不是同母兄弟的问题：可以检测线粒体DNA.该DNA多态性是母系遗传的，故姥姥-母亲-孩子的基因型都是一样的。故两兄弟线粒体DNA基因型相同时，可以证明属于同一母系。当然此结果只能回答，兄弟两能否成为同母兄弟的问题，而无法回答是不是同母兄弟的问题。
一定要直接证明，最好能找到爷爷、奶奶、姥爷、姥姥即父母多个兄弟姐妹，通过推理父亲母亲的基因型的方法直接判断亲子关系。但此方法几乎不太可能...所以建议考虑上述1和2的方法.
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