首先，上户口用的亲子鉴定是具有司法效力的亲子鉴定报告书，具有司法效力全国通用，它的采样过程是司法鉴定机构的工作人员亲子到现场对当事人进行采样国内亲子鉴定、拍照、填报、按手印确认等过程，具备客观公正的前提条件，打官司用的司法亲子鉴定也是具有司法效力的，所以一般情况来说，这两种情况是可以通用的。不过，在发生一定纠纷的时候，也不排除对方不愿意承认结果故意纠缠的现象，这个时候为了公平起见，可能法庭就会要求在双方认可的情况下重新指定一家具有法律效力的司法鉴定中心重新进行鉴定。但是，从见到的案例来说，一般都不会走到这个地步，因为对方心知肚明这份上户口亲子鉴定的真实性，再重新做结果也不会有什么差别，所以一般都不会自找难看，自取其辱。
中国从什么时候能做亲子鉴定的？
目前亲子鉴定行业的亲权鉴定技术规范是中华人民共和国司法部司法鉴定管理局2010年04月07日发布实施的。
之前的研发应用于市场大概在2007年就开始了。一开始还是使用的国外的试剂盒。之后针对中国人的试剂盒才开始问世，从最初的16个位点再18，再到20，之后再增加到21位点。如今21位点被稳定常规的应用于父母子、父（母）子关系鉴定。还有40个位点的检测，一般用于单亲鉴定的基因突变的特殊情况。还68个位点的检测，北京科鉴基因中心曾用于祖孙关系鉴定，这个也是从16个位点的Y染色体父系鉴定完善过来的。
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